Szia!
Megpróbálok segíteni, de kicsit pontosítani kellene a problémákat, esetleg ha vannak, akkor linkeket is kérnék és hátha tudok mondani valami okosat.
A bootstrap frissítésének bonyolultsága attól függ, hogy 2.x vagy 3.x verzió van-e jelenleg használatban. A 2.x nem kompatibilis a 3.x-el, ezért ott kézi módosításokra is szükség lesz a HTML kódban, ha viszont egy régebbi 3.x verziót szeretnél a legújabb verzióra cserélni, akkor csak ki kell cserélni a bootstrap hivatkozásait (vagy fájljait) a jelenlegi legfrissebbre (ami most éppen a 3.3.6).
Ez az eszköz pedig segíthet a 2.x-ről 3.x-re való migrálásban: http://code.divshot.com/bootstrap3_upgrader/